Управлять с шапкой можно несколько способами:

1) Её можно полностью скрыть: включив настройку Site.hideHeader

2) Далее когда в системе нет региона с алиасом site_header, то шапка выводится программно через елемент header

3) В проекте по умолчанию присуствует регион с алиасом site_header, у которого имеется блок с алиасом site_header_block, в котором указан элемент header

3.1) Чтобы заменить содержимое шапки на код, неоходимо очистить поле элеменент в блоке, и вставить через источник следующий код: (шаблон по умолчанию)

<link rel="stylesheet" type="text/css" href="/theme/TM58887/css/active_menu.css">
<script type="text/javascript" src="/theme/TM58887/js/active_menu.js"></script>
<div class="rd-navbar-wrap">
    <nav data-lg-stick-up-offset="79px" data-md-device-layout="rd-navbar-fixed" data-lg-device-layout="rd-navbar-static" class="rd-navbar rd-navbar-top-panel rd-navbar-light rd-navbar-static" data-lg-auto-height="false" data-md-layout="rd-navbar-fixed" data-lg-layout="rd-navbar-static" data-lg-stick-up="false">
        <div class="container">
            <div class="rd-navbar-inner">
                <div class="rd-navbar-top-panel">
                    <div class="left-side">
                        <ul class="rd-navbar-top-links list-unstyled">
                           <li class="locale-translate"><a href="#" class="header-change-locale" data-locale="rus">RU</a>|<a href="#" class="header-change-locale" data-locale="eng">ENG</a></li>
                            <li><a href="/agency/realty/add" class="text-uppercase text-ubold">Подать объявление</a></li>
                            <li><a class="text-uppercase text-ubold" data-target="#orderCall" data-toggle="modal" role="button"><small>Заказать звонок</small></a></li>
                        </ul>
                    </div>
                    <div class="right-side">
                        <address class="contact-info text-left">
                            <span class="p"><span class="icon mdi mdi-email-open"></span><a href="mailto:email@email.ru">email@email.ru</a></span>
                            <span class="p"><span class="icon mdi mdi-phone"></span><a href="tel:88888888888">8 (8888) 88-88-88</a></span>
                        </address>
                    </div>
                </div>
                <!-- RD Navbar Panel-->
                <div class="active-menu-bar">
                    <div class="rd-navbar-panel">
                        <!-- RD Navbar Toggle-->
                        <button data-rd-navbar-toggle=".rd-navbar, .rd-navbar-nav-wrap" class="rd-navbar-toggle"><span></span></button>
                        <!-- RD Navbar Top Panel Toggle-->
                        <button data-rd-navbar-toggle=".rd-navbar, .rd-navbar-top-panel" class="rd-navbar-top-panel-toggle"><span></span></button>
                        <!--Navbar Brand-->

                        <div class="rd-navbar-brand">
                            <a href="/" title="">
                                <img src="/uploads/logo.jpg" data-was-processed="true" alt="logo" title="SiteName">
                            </a>
                        </div>
                        <div class="rd-navbar-title">SiteName</div>
                        <div class="rd-navbar-slogan">Slogan</div>
                    </div>
                    <div class="rd-navbar-menu-wrap">
                        <div class="rd-navbar-nav-wrap">
                            <!-- RD Navbar Nav-->
                            [e:navigation_top]
                        </div>
                    </div>
                </div>
            </div>
        </div>
    </nav>
</div>
[e:breadcrumbs_header]

P.S. Для унификации шаблона следует заменить следующие части шаблона специально для проекта:

1) Найти в шаблоне email@email.ru и замените на нужное вам:

2) Найти в шаблоне 88888888888, 8 (8888) 88-88-88  и заменить на нужные вам

3) Поводу вывода почти, телефона и второго телефона (код для вывода второго телефона можно скопировать с первого) зависят от настройк Site.email, Site,phone, Site.phone2

4) Чтобы поправить путь до лого замените данный фрагмент на нужный вам: /uploads/logo.jpg

5) По поводу вывода данного фрагмента: <div class="rd-navbar-title">SiteName</div> - он зависит от настройки Site.site_name

6) По поводу вывода данного фгагмента: <div class="rd-navbar-slogan">Slogan</div> - он зависит от настройки SIte.slogan

7) По поводу вывода меню можно оставить такой же вывод 

[ menu: main selected=active dropdown=true dropdownClass="rd-navbar-nav rd-navbar" ]

либо через инспектор браузера - скопировать меню из шапки, до момента создания/редактирования блока 

8) Также можно заменить своим содержимым! Использую стили шаблона! Либо можно через индивидуальные стили стилизовать шапку!